Изначально она так и рассматривалась (Галилеем, например), но история (особенно передряги на рубеже 19 и 20 веков) показали, что она не так уж необходима - ее можно рассматривать лишь как эпистемологическую предпосылку.
Насколько я понял из книги П. Гайденко "История новоевропейской философии" - движение к такому пониманию началось уже с Галилея, по мере математизации естествознания и осознания того, что научные представления есть только модель реальности, а не ее отражание.

Мне особенно понравился пассаж про пирожок
Мне тоже, хотя и он небесспорен: ведь не исключено, что состояние мозга, предшествующее отказу от покупки, отличается от того состояния, которое предшествует согласию на нее. Теоретически, для проверки предположения о том, что предшествующее состояние мозга однозначно определяет предыдущее (с поправкой на случайные процессы), требовалось бы прослеживать состояние всего мозга, что вряд ли станет когда-либо возможным. С другой стороны, альтернативное предположение страдает отсутствием операциональных моделей: критикуемая Вами модель свободной воли Менского и многие другие, схожие с ней и опирающиеся на КМ - единственные известные мне примеры.